Đa dạng Nucleotide vùng ITS gen nhân và các gen lục lạp ( matK, rbcL, rpoC1) loài trám đen ( Canarioum Nigrum ) ở một số tỉnh phía bắc, Việt Nam

Abstract

Trong nghiên cứu này, 03 vùng gen lục lạp (matK, rbcL và rpoC1) và 1 vùng gen nhân (ITS) đã được sử dụng để đánh giá mức độ đa dạng nucleotide cho 9 cá thể đại diện loài Trám đen (Canarium nigrum) ở tỉnh Bắc Giang, Hòa Bình và Phú Thọ (mỗi tỉnh 3 cá thể). Trình tự nucleotide của 4 vùng gen (ITS, matK, rbcL và rpoC1) đã được xác định với kích thước tương ứng là 696 bp, 798 bp, 70.2 bp và 522 bp. Kết quả so sánh trình tự nudeotide của 4 vùng gen giữa các mẫu nghiên cứu cho thấy có sự tương đồng 100%. Kết quả so sánh với trình tự các loài trong chi Canarium trên GenBank đã chỉ ra mức độ đa dạng nucleotidc (π) cao nhất ở vùng gen 775 (0,02), thứ hai là vùng gen matK (0,007) và thấp nhất là vùng gen rbcL (0,00.3). Cây phát sinh chủng loại của loài Trám đen với các loài trong chi Canarium đã chỉ ra sự phân nhánh giữa các loài rõ nhất ở vùng gen rpoC1, thứ hai là vùng gen rbcL. thứ ba là vùng gen matK và thấp nhất là vùng gen ITS với giá trị bootstrap tại các điểm nút chính tương ứng dao động từ 98 đến 99%, 35 đến 67%, 65 đến 98% và 98 đến 99%. Loài Trám đen có mức độ tương đồng nucleotide gần nhất với loài C. tramdenum (KP093200) và C. album (KP093198) khi phân tích vùng gen ITS và loài C. subulatum (KR530509), C. acutifolium (KR530512) khi phân tích vùng gen mutK. Các kết quả thu được cho thấy có thể sử dụng vùng gen rpoC1 cho việc nhận dạng loài thuộc chi Canarium.