Xây dựng cơ sở dữ liệu hệ gen cá tra Việt Nam

Abstract

Các nghiên cứu sinh học phân tử có vai trò quan trọng trong ngành thủy sản, góp phần nâng cao chất lượng giống một cách hiệu quả. Gần đây, cùng với sự phát triển của công nghệ giải trình tự thế hệ mới, nghiên cứu hệ gen được phát triển mạnh mẽ, trong đó việc tổ chức và quản lý dữ liệu giữ một vị trí thiết yếu. Sau khi giải trình tự toàn bộ hệ gen loài cá tra Việt Nam (Pangasianodon hypophthalmus), chúng tôi đã tiến hành phân tích và chú giải bộ gen cá tra. Để có thể khai thác dữ liệu này một cách hiệu quả, chúng tôi đã xây dựng một cơ sở dữ liệu cho toàn bộ các dữ liệu thu được. Cơ sở dữ liệu được xây dựng trên nền tảng các phần mềm mã nguồn mở theo mô hình kiến trúc ba lớp (giao diện, dịch vụ và cơ sở dữ liệu) với giao diện sử dụng thuận tiện qua trình duyệt Web. Người sử dụng có thể tra cứu các dữ liệu trình tự và dữ liệu chú giải cũng như hiển thị trực quan các trình tự thông qua trình duyệt hệ gen JBrowse. Cơ sở dữ liệu này là nguồn thông tin quan trọng, tiền đề cho những nghiên cứu sâu hơn về chức năng và nâng cao chất lượng di truyền của cá tra.