Khai thác và chọn gen mã hóa Chitinase từ nguồn dữ liệu DNA Metagenome

Abstract

Khai thác cơ sở dữ liệu DNA metagenome đất vùng rễ của cây cà phê tái canh 2 năm tuổi tại tỉnh Đăk Lăk và so sánh trên dữ liệu CAZy đã tìm thấy 56 trình tự nucleotide mã hóa chitinase. Kết quả phân tích các trình tự trên BLASTP đều dự đoán các protein có độ bao phủ từ 90% trở lên với hộ số tương đồng từ 33% - 99 % so với các gcn chitinase đã được công bố. Trong nghiên cứu này, với mục đích tìm kiếm các gen mã hóa chitinase mới có hoạt tính diệt tuyến trùng và bệnh nấm hại rõ ở cà phê, từ 8/56 trình tự với độ tương đồng nhỏ hơn 75%, đã lựa chọn được trình tự ChiA_2.