Phân tích cộng đồng vi khuẩn trong rơm rạ trước và sau ủ bằng kỹ thuật PCR-DGGE và tạo dòng

Abstract

Sử dụng kỹ thuật PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gel Gradient Eletrophoresis) phân tích cộng đồng vi khuẩn dựa trên đoạn gen V3 từ mẫu Rơm trước ủ (R) và mẫu Rơm sau ủ (Rn). Bên cạnh đó kết hợp với phương pháp tạo dòng (Cloning) phân tích mẫu Rn và so sánh kết quả phân tích cộng đồng vi khuẩn với phương pháp PCR-DGGE cho kết quả tương tự đó là mục tiêu chính trong nghiên cứu này. Kết quả thu nhận từ kỹ thuật PCR-DGGE của mẫu R có 5 đoạn gen V3 (Rl, R2, R3, R4 và R5) và còn mẫu Rn có 4 đoạn gen V3 (Rnl, Rn2, Rn3 và Rn4). So sánh nhóm vi khuẩn ở mẫu R và Rn cho thấy sự đa dạng vi khuẩn trong mẫu R gồm các dòng Agrobacterium, Clostridium, Bacteroidetes, Thermopolysporasa và Bacillus.