Chọn lọc các cá thể F₂ đồng hợp tử mang QTL 9 liên quan đến cấu trúc bông lúa bằng chỉ thị phân tử CAPS

Abstract

QTL9 là một tính trạng số lượng tiềm năng mới liên quan đến cấu trúc bông lúa, được xác định thông qua phân tích liên kết trên toàn hệ gen (GWAS) quần thể lúa bản địa Việt Nam. Các quần thể lai tái tổ hợp đã được phát triển từ 2 giống lúa bố mẹ G6 và G189 thuộc 2 haplotype tương phản về số gié thứ cấp/bông và số hạt/bông, nhằm nghiên cứu chức năng của QTL9. Bên cạnh đó, sử dụng công nghệ gen capture kết hợp với giải trình tự thế hệ mới đã xác định được 1.002 biến thể di truyền trong vùng QTL9 của 2 giống bố mẹ, trong đó 12 điểm đột biến đa hình đơn nucleotide (SNPs)được tìm thấy nằm trong vùng cắt của 5 enzym giới hạn. Trong nghiên cứu này, 12 cặp mồi đã được thử nghiệm để nhân chỉ thị CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences), được phát triển dựa vào 12 SNPs trên, nhằm ứng dụng để chọn lọc các dòng F₂ đồng hợp tử mang kiểu gen QTL9 của bố và của mẹ. Phân tích sản phẩm PCR và cắt enzym giới hạn chọn lọc được 4 chỉ thị CAPS cho sự đa hình giữa 2 giống bố mẹ và phân bố bao phủ vùng QTL9.