THIẾT KẾ CẶP MỒI PCR NHẬN DIỆN VI KHUẨN Pediococcus acidilactici PHÂN LẬP TỪ MẮM CHUA CÁ RÔ

Abstract

Vi khuẩn Pediococcus acidilactici thuộc nhóm vi khuẩn lên men sinh acid lactic (LAB), thường được ứng dụng trong sản xuất các loại probiotics cho người và cho gia súc, thủy sản. Các phương pháp định danh như quan sát hình thái qua kính hiển vi, thử nghiệm các đặc tính sinh lý, sinh hóa hay giải trình tự vẫn còn nhiều hạn chế về mặt chi phí, thời gian cũng như độ chính xác. Do đó, phương pháp nhận diện vi khuẩn bằng kỹ thuật PCR với cặp mồi thiết kế đặc hiệu được đề xuất vì đáp ứng cả ba yếu tố: độ chính xác cao, tiết kiệm thời gian và cả chi phí. Trên cơ sở đó, đề tài được nghiên cứu với mục tiêu thiết kế cặp mồi để nhận diện chuyên biệt vi khuẩn P. acidilactici dựa trên hai vùng gene 16S – rRNA và ldhD. Với bước đầu phân lập và thử nghiệm các đặc tính sinh hóa nguồn vi khuẩn acid lactic từ mẫu mắm chua cá rô, tuyển chọn được 04 dòng vi khuẩn acid lactic. Tiếp theo, tiến hành giải trình tự gen 16S – rRNA với cặp mồi 27F – 1492R dòng L2, thu được kết quả dòng L2 có độ đồng hình đến 98,78% với vi khuẩn Pediococccus acidilactici. Sau đó, so sánh sự sai khác trên hai vùng gene 16S – rRNA và ldhD của loài P. acidilactici với các loài khác trong chi Pediococcus để thiết kế cặp mồi đặc hiệu dựa trên hai vùng gene này. Với kết quả thiết kế được 04 cặp mồi, 01 cặp mồi dựa trên vùng gene 16s – rRNA và 03 cặp mồi dựa trên vùng gene ldhD. Sau khi tiến hành chạy PCR, cặp mồi 217L – R và 217L – F có tiềm năng để nhận diện đặc hiệu vi khuẩn P. acidilactici với các loài khác trong chi Pediococcus, đồng thời cặp mồi này cũng cho kết quả về độ nhạy khả quan khi pha loãng DNA 1000 lần vẫn cho băng sáng, rõ. Từ khóa: Pediococcus acidilactici, cặp mồi PCR, 16S – rRNA, ldhD, mắm chua cá rô.