Ứng dụng kỹ thuật xác định kiểu gen bằng giải trình tự (GBS) để sàng lọc các đa hình Nucleotide đơn (SNPs) liên quan tới tính trạng tăng trưởng ở tôm sú (Penaeus monodon)

Abstract

Hiện nay, ngành nuôi tôm sú (Penaeus monodon) ở Việt Nam vẫn chưa thực sự phát triển bền vững do gặp nhiều khó khăn, trong đó có thách thức lớn về nguồn tôm sú giống. Để có được giống tôm sú chất lượng cao đòi hỏi phải có những nghiên cứu di truyền cải thiện chất lượng giống ứng dụng chỉ thị phân tử kết hợp với di truyền số lượng trong chọn giống là phương pháp hiệu quả nhờ thực hiện việc chọn lọc không cần trực tiếp trên tính trạng mong muốn mà thông qua chỉ thị phân tử liên kết với tính trạng đó.Công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới (Next Generatiọn Sequencing, NGS) kết hợp với các tính trạng số lượng để tìm ra các chỉ thị phân tử liên kết các tính trạng quan trọng là hướng đi đang được nhiều phòng thí nghiệm trên thế giới quan tâm. Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng kỹ thuật xác định kiểu gen bằng giải trình tự (Genotyping by Sequencing, GBS) với công nghệ NGS của Illumina để sàng lọc các đa hình nucleotide đơn (Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs) liên quan đến tính trạng tăng trưởng nhằm tạo cơ sở dữ liệu cho các nghiên cứu chọn giống tôm sú hướng đến tính trạng tăng trưởng nhanh.Dựa trên hệ gen tham chiếu tạm thời của tôm sú được thiết lập de novọ,tổng số 2.887 SNPs đã được sàng lọc, trong đó có 1,799 SNPs chỉ xuất hiện ở nhóm tôm sú lớn nhanh.Trong số 287 contig được chú giải ở nhóm tôm sú lớn nhanh có hai contig chứa SNPs có sự tương đồng với gen mã hóa protein myosin heavy Chain (MHC) liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở họ giáp xác, trong đó contig 83953 tương đồng với MHCa và contig 260347 tương đồng với MHC1. Hai SNPs đã được xác định là Contig 83953:g.20T>C và Contig 260347:g. 19G>A.Đây là những kết quả bước đầu bổ sung vào Cơ sở dữ liệu hệ gen tôm sú, định hướng cho các nghiên cứu tiếp theo nhằm khai thác các chỉ thị phân tử ứng dụng trong chọn giống tôm sú.