Nghiên cứu in silico khả năng ức chế neuraminidase của một số flavonoid bằng phương pháp mô phỏng động lực học phân tử.

Abstract

Trong nghiên cứu này, phương pháp mô phỏng động lực học phân tử bằng phần mềm NAMD được sử dụng để khảo sát các liên kết hydro giữa protein neuraminidase đột biến của virus cúm và các hợp chất thuộc nhóm flavonoid. Cấu trúc của protein neuraminidase đột biến (H247Y) (PDB: 3CL0) được lấy từ Protein Data Bank. Các ligand được tối ưu hóa để sử dụng trong nghiên cứu này là flavone (12_11), flavone (428), flavone (948) và flavonol (218). Tổ hợp ligand và protein được docking phân tử nhờ phần mềm PyRx, sau đó những tác động ức chế của ligand được phân tích bằng phần mềm Discovery Studio Visualizer chỉ ra các tương tác quan trọng: liên kết hydro, liên kết pi, tương tác Van der Waals giữa protein và ligand. Mô phỏng động lực học phân tử chỉ ra số lượng liên kết hydro xuất hiện trong khoảng thời gian 500 ns đầu. Các flavonoid được khảo sát có số lượng liên kết hydro từ 2 liên kết trở lên, trong đó flavone (12_11) có khả năng tạo liên kết hydro với protein neuraminidase tốt nhất, tiếp theo là flavone (428), flavone (948) và flavonol (218). Kết quả nghiên cứu chỉ ra các hợp chất nhóm flavonoid được khảo sát đều tương tác với trung tâm hoạt động của protein neuraminidase nên chúng có khả năng ức chế protein này tốt, từ đó định hướng cho việc sàng lọc các thuốc hỗ trợ điều trị bệnh cúm.