Giải thuật sửa lỗi cho các trình tự ADN ngắn =

Abstract

Ngày nay với sự tiến bộ của kỹ thuật xác lập trình tự ADN (DNA Sequencing) chúng ta có thể tạo ra một số lượng lớn các chuỗi ADN trong khoảng thời gian ngắn với chi phí thấp. Đặc biệt thế hệ xác lập trình tự mới hiện nay tạo ra số lượng rất lớn chuỗi ADN ngắn, được gọi là short read, với chiều dài từ 30 đến 100 nulcotide. Các read này có tỉ lệ lỗi từ 1% đến 2%. Do đó các read lỗi này phải được sửa lỗi trước khi được lắp ráp thành bộ gen ADN hoàn chỉnh. Nhiều giải thuật sửa lỗi đã được đề xuất như SHREC, SOAP de Novo. Nhưng những giải thuật này vẫn còn những hạn chế như cần dung lượng bộ nhớ lớn hoặc thời gian sửa lỗi khá nhiều. Trong bài báo này chúng tôi đề xuất giải thuật hiệu chỉnh lỗi, được đặt tên là RCorrector, dựa trên cấu trúc chỉ mục kmer nhằm phát hiện lỗi và sửa lỗi trực tiếp trên các read. So sánh với giải thuật SHREC trên 8 tập dữ liệu, RCorrector đạt được hiệu suất sửa lỗi thông qua hai đặc trưng specificity và sensitivity là tương đương với SHREC nhưng nhanh hơn SHREC từ 3 đến 7 lần.