Giải trình tự toàn bộ hệ gene và xác định đặc điểm di truyền của Canine parvovirus type 2 trên chó tại một số tỉnh phía Nam, Việt Nam

Abstract

Đề tài nhằm phát hiện và xác định một số biến đổi về đặc điểm di truyền của CPV-2 gây bệnh trên chó tại Việt Nam. Từ 48 mẫu swab phân chó có triệu chứng nghi nhiễm bệnh do parvovirus gây ra tại một số phòng khám thú y tại Thành phố Cần Thơ, tỉnh An Giang và Thành phố Hồ Chí Minh, tiến hành xét nghiệm bằng cặp mồi CPV-337F/R xác định sự hiện diện của CPV-2 bằng phản ứng PCR, sau đó chọn đại diện 4 mẫu dương với CPV-2 khuếch đại đoạn gene VP2 và giải trình tự xác định các biến chủng và đặc điểm di truyền bằng phương pháp lập cây phát sinh loài và so sánh trình tự acid amin. Chọn mẫu CPV2/PD1/2023 để giải trình tự và tổng hợp toàn bộ hệ gene vì khi dùng công cụ BLAST đoạn gene VP2 cho kết quả tương đồng cao với chủng CPV-2c-new-var, toàn bộ hệ gene được tổng hợp bằng 2 cặp mồi chính NS-Fext/Rext và CPV-337F/4823R. Kết quả cho thấy 47/48 mẫu có sự hiện diện của CPV-2 và khi phân tích trình tự acid amin trên protein VP2 cho thấy chủng CPV-2 phân lập là CPV-2c (426E) thuộc phân nhánh Asia-4 của nhánh Asia và sự biến đổi acid amin vị trí 447M được cho là “biến chủng mới” của CPV-2c. Ngoài ra, ghi nhận sự biến đổi ở vị trí acid amin 267Y, 324Y được cho là 2/3 vị trí gây bất hoạt vaccine.