Please use this identifier to cite or link to this item: https://dspace.ctu.edu.vn/jspui/handle/123456789/947
Title: Giải thuật sửa lỗi cho các trình tự ADN ngắn =
Other Titles: Algorithm of short-read error correction
Authors: Nguyễn, Văn Hòa
Nguyễn, Văn Đông
Keywords: Chuỗi ADN
Xác lập trình tự ADN
Chuỗi ADN ngắn
Chỉ mục
Sửa lỗi
Issue Date: 2013
Series/Report no.: Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ;Số chuyên đề Công nghệ thông tin .- Tr.20-27
Abstract: Ngày nay với sự tiến bộ của kỹ thuật xác lập trình tự ADN (DNA Sequencing) chúng ta có thể tạo ra một số lượng lớn các chuỗi ADN trong khoảng thời gian ngắn với chi phí thấp. Đặc biệt thế hệ xác lập trình tự mới hiện nay tạo ra số lượng rất lớn chuỗi ADN ngắn, được gọi là short read, với chiều dài từ 30 đến 100 nulcotide. Các read này có tỉ lệ lỗi từ 1% đến 2%. Do đó các read lỗi này phải được sửa lỗi trước khi được lắp ráp thành bộ gen ADN hoàn chỉnh. Nhiều giải thuật sửa lỗi đã được đề xuất như SHREC, SOAP de Novo. Nhưng những giải thuật này vẫn còn những hạn chế như cần dung lượng bộ nhớ lớn hoặc thời gian sửa lỗi khá nhiều. Trong bài báo này chúng tôi đề xuất giải thuật hiệu chỉnh lỗi, được đặt tên là RCorrector, dựa trên cấu trúc chỉ mục kmer nhằm phát hiện lỗi và sửa lỗi trực tiếp trên các read. So sánh với giải thuật SHREC trên 8 tập dữ liệu, RCorrector đạt được hiệu suất sửa lỗi thông qua hai đặc trưng specificity và sensitivity là tương đương với SHREC nhưng nhanh hơn SHREC từ 3 đến 7 lần.
URI: http://172.18.63.105/jspui/handle/123456789/947
ISSN: 1859-2333
Appears in Collections:Năm 2017

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
_file_647.19 kBAdobe PDFView/Open
Your IP: 44.204.94.166


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.