Nghiên cứu mô phỏng động lực học phân tử của một số Flavonoid ức chế Protein Neuraminidase.

Abstract

Nghiên cứu này được thực hiện với mục đích khảo sát sự tương tác giữa protein neuraminidase đột biến của virus cúm và các hợp chất thuộc nhóm flavonoid bằng phương pháp mô phỏng động lực học phân tử sử dụng phần mềm NAMD. Cấu trúc của protein neuraminidase đột biến (H247Y) (PDB: 3CL0) được lấy từ Protein Data Bank. Các ligand được tối ưu hóa để sử dụng trong nghiên cứu này là flavone (864), flavone (581), flavone (9_9) và flavonol (162). Docking phân tử được thực hiện giữa ligand và protein bằng phần mềm PyRx và tương tác giữa ligand và protein được phân tích bằng phần mềm Discovery Studio Visualizer tìm ra các tương tác quan trọng: liên kết hydro, liên kết pi, tương tác Van der Waals. Bên cạnh đó, mô phỏng động lực học phân tử cũng cho thấy số lượng liên kết hydro giữa ligand và protein xuất hiện trong khoảng thời gian khảo sát là 500 ns như sau: flavone (9_9) có khả năng tạo liên kết hydro với protein neuraminidase tốt nhất, tiếp theo là flavonol (162), flavone (864) và flavonol (581). Trong khi đó, độ sai lệch theo thời gian (RMSD) của bốn hợp chất này khi gắn kết vào protein đều nằm trong giới hạn là nhỏ hơn 2Å. Vì vậy, kết quả nghiên cứu này cho thấy tiềm năng các hợp chất nhóm flavonoid tương tác tốt với trung tâm hoạt động của protein neuraminidase nên chúng có khả năng ức chế protein này cao, từ đó định hướng cho việc sàng lọc các thuốc hỗ trợ điều trị bệnh cúm.